Русский участок в Гефсимании был приобретен в 1882 году по инициативе начальника Русской Духовной Миссии в Иерусалиме архимандрита Антонина (Капустина) для строительства на нем церкви во имя святой равноапостольной Марии Магдалины в память об императрице Марии Александровне (Мария Магдалина была ее небесной покровительницей). 1 октября 1888 года, на праздник Покрова Богородицы Иерусалимский Патриарх Никодим освящает ее. На торжестве освящения присутствуют Великий Князь Павел Александрович и Великий Князь Сергий Александрович с супругой, Великой Княгиней Елисаветой Феодоровной, которая через тридцать с небольшим лет будет упокоена в крипте этого храма. А после прославления Русской Православной Зарубежной Церковью в 1981 году мощи преподобномучениц Вел. Княгини Елисаветы и инокини Варвары были перенесены в храм и положены в раки из белого мрамора справа и слева от алтаря. С 1935 года Церковь Марии Магдалины является монастырским храмом.