Церковь в честь Святителя Алексия, Митрополита Московского, была возведена в 1822-1834 годах при настоятеле Благовещенского мужского монастыря архимандрите Макарии. 

Ее постройка осуществлялась по благословению Нижегородского архипастыря - Преосвященного епископа Моисея (Близнецова-Платонова), на вновь обретенном небольшом участке городской земли, который разрешено было присоединить к территории обители в 1821 году. Важно отметить, что прежде на этом месте находились восточные (или так называемые "задние") Святые врата и, по-видимому, один их больничных корпусов с храмом во имя св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

Первоначальный проект нового храма в честь Воскресения Христова с тремя приделами (первым - во имя прп. Макария Унженского чудотворца, вторым - в честь Иверской иконы Божией Матери, третьим - в честь Толгской иконы Божией Матери) был разработан архитектором И.И. Межецким, а впоследствии доработан архитектором А.Л. Леером.